Centrum politických studií bylo založeno na zásadách decentralizace a kolektivního řízení. Vzhledem k širokému rozsahu jeho činností a široké autonomii, které se jednotlivé části spolku těší, působí zde vedle jeho vedení následující kolektivní tělesa:
VALNÁ HROMADA
Hlavní orgán spolku, který volí členy jednotlivých orgánů a vedení projektů spolku. Koná se zpravidla jednou ročně a právo účastnit se či dálkově hlasovat má každý z více než stovky členů spolku.
SPOLKOVÝ VÝBOR
Jedná se o hlavní výkonný orgán spolku, tvořený 8 členy volenými na funkční období kalendářního roku. Volí předsedu, místopředsedu spolku a další spolkové funkcionáře zpravidla pokladníka a tajemníka. Rozhoduje o členství, financích, hospodaření a záležitostech vnitřního chodu spolku.
V kalendářním roce 2021 jsou jeho členy Adam Karas, Oldřich Horák, Petr Svoboda, Patrik Novotný, Jakub Veselý, Simona Petrů, Ondřej Horký a Jakub Vašák který v květnu 2021 nahradil po rezignaci Tomáše Konečného.
KONTROLNÍ VÝBOR
Představuje kontrolní a dozorčí orgán spolku, jeho 4 členové jsou voleni na 2leté funkční období s každoroční obměnou poloviny členů. Vedle běžné kontrolní role zodpovídá také za určité administrativní funkce. Předseda kontrolního výboru zastupuje předsedu spolku.
V kalendářním roce 2021 jsou jeho členy Jakub Adámek, Jan Pivoda, Šimon Presser a Petra Eretová.